语言，这个倒是无所谓，自己用 Perl 弄了一个，不过感觉很差，而且不知道哪里错误了，反正没有能够出来。
#!/usr/bin/perl
use strict;
my %hash=();
open list,"<$ARGV[0]";
while (<list>){
chomp;
$hash{$_}=1; #先把需要的序列 id 放到哈希表中,id 是键所有值都设为 1
}
close list;

open unigene,"<$ARGV[1]";
$/=">";
<unigene>;
while (<unigene>){
chomp;
my $ID=(split /\n/,$_,2)[0]; #分割成两部分，以大于号为分割点，分成 id 和序列.
if (exists $hash{$ID}){ #用 exists 函数判断当前 id 在哈希键是否存在，存在输出 id 与序列，否则下一步
print ">$_\n";
}
else{
next;
}

}
close unigene;